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Hintergrund

 

Auswertung und Dokumentation von NMR-spektroskopischen Daten werden bis heute weitgehend im Stil des "vordigitalen Zeitalters" betrieben, obwohl die Methode zu den wichtigsten Techniken im Bereich der Strukturanalyse kleiner Moleküle gehört.

  •  Nach wie vor werden NMR-Daten hauptsächlich in Anlehung an die IUPAC-Empfehlungen von 1972 und oft ohne eine Zuordnung veröffentlicht, als viele der heute eingesetzten Experimente noch nicht existierten: Wichtige Spektreninformationen wie skalare Kopplung und/oder 2D-Korrelationsexperimente werden meist ignoriert
  • Falsche Zuordnungen oder inkorrekte Strukturfolgerungen bei Naturstoffen und in der Synthesechemie können unbemerkt publiziert werden weil geeignete Evaluierungsverfahren für Zuordnungen fehlen: Zur Evaluierung der Zuordnung von NMR-Spektren kleiner Moleküle war bisher nur der auf 13C-chemische Verschiebungen beschränkte CSEARCH robot referee verfügbar, der kein frei durchsuchbares, öffentliches Repositorium oder Datenarchivierungssystem anbietet
  • Im Bereich kleiner Moleküle fehlt ein Verfahren zur Einreichung elektronischer NMR-Daten und deren Qualitätskontrolle (im Gegensatz zu Gebieten wie der Röntgenkristallographie oder der BioNMR-Spektroskopie)

 

Ziele des Projekts

 

Das IDNMR-Projekt hat die Aufgabe, die zuvor genannten Probleme zu thematisieren und Lösungswege zu entwickeln. Dabei sollen Wissenschaftler sensibilisiert, Hilfsmittel für die Zuordnungskontrolle weiterentwickelt und die bereits existierende offene NMR-Datenbank nmrshiftdb2 in den Workflow der Datenauswertung integriert werden. Dazu zählen:

  • Die Entwicklung des QuickCheck tools für die Beurteilung von 1H- und 13C-Verschiebungszuordnungen, bei dem ein Qualitätsreport sofort verfügbar ist (eine Testversion des Tools finden Sie hier )
  • Die direkte Hinterlegung von Zuordnungen in lokalen und/oder freien, öffentlichen Datenbanken: überprüfte Zuordnungen (und somit wichtige experimentelle Primärdaten) sollen nach ihrer Veröffentlichung direkt zugänglich und durchsuchbar gemacht werden, anstatt in unübersichtlichen Supplement-Dateien von Publikationen unterzugehen (die Datenbank nmrshiftdb2 unterstützt diese Vorgaben bereits teilweise)
  • Unterstützung bei der Integration des QuickCheck tools in existierende Labor workflows beim Umgang mit NMR-Daten (ein freies LIMS für NMR-Labors wurde für nmrshiftdb2 entwickelt - weitere Informationen hier )